Concurenţa dintre împuternicirile comandantului suprem şi ministrului Apărării
Demisia ministrului Apărării, Vitalie Marinuţa, a provocat diverse comentarii referitoare la cauzele acestui pas. Pe de o parte, Vitalie Marinuţa, şi-a explicat demisia prin existenţa divergenţelor de opinie cu preşedintele, Nicolae Timofti, comandatul suprem al armatei, în privinţa unor reforme. Potrivit explicaţiilor lui Marinuţa, împărtăşite postului de radio Europa Liberă:
Faptul că azi se cere ca să stopăm reformele importante în domeniul apărării şi ministrul Apărării să dea mai multe împuterniciri Comandantului Armatei mi se pare incorect şi contravine viziunilor mele de dezvoltare şi control democratic al structurilor militare. Dacă facem acest lucru, doar mimăm calea de dezvoltare democratică, înseamnă că doar mimăm reformele care şi aşa în sectorul de apărare au decurs foarte şi foarte anevoios.Pe de altă parte, purtătorul de cuvînt al preşedintelui ţării, Vlad Ţurcanu, a specificat că reproşurile şefului statului, aduse ministrului Apărării, au vizat doar problemele legate de lipsa disciplinei în Armata Naţională şi nu au avut pretext politic:
Preşedintele nu se implică în jocuri politice care există în mod firesc sau mai forţat, uneori, ca anul trecut, de exemplu, între partidele politice. Preşedintele a vorbit la modul tehnic, la modul pragmatic, despre situaţia din Armata Naţională, fără să aibă în vedere dedesubturi politice.În aparenţă, avem un conflict aproape clasic — un ministru reformator încercă să-şi promoveze viziunile, care nu sunt înţelese de comandantul suprem. Există însă nuanţe. Miniştrii sunt înaintaţi de către partidele coaliţiei de guvernare, în baza unui acord algoritmic. Comandantul suprem şi-a obţinut funcţia cu doi ani mai tîrziu decît ministrul Apărării, care iniţial a avut suportul Partidului Liberal (PL), iar apoi al Partidului Liberal Reformator (PLR). Opinia comandantului suprem, care are responsabilităţi prevăzute de Constituţie, nu a contat prea mult la numirea ministrului Apărării. Probabil, opinia comandantului suprem nu a prea contat nici în procesul de elaborare a noii Strategii Naţionale de Apărare.
În pofida celor menţionate, şeful statului a manifestat multă indulgenţă faţă de ministrul Marinuţa, iar reproşul referitor la lipsa de disciplină în Armata Naţională este întemeiat: în perioada deţinerii funcţiei de ministru al Apărării de către Vitalie Marinuţa a avut loc un şir de incidente cu impact negativ asupra guvernării pro-europene, cele mai grave referindu-se la: decesul a nouă soldaţi în termen; scandalul legat de vînzarea armamentului din dotarea armatei naţionale; punerea sechestrului asupra unor proprietăţi ale Armatei Naţionale, etc. Incidentele respective au format fundalul negativ, care a lăsat amprente şi asupra activităţii politice a ministrului Marinuţa: scandalul public cu fostul său şef de partid, care l-a promovat în funcţie; dezbaterea publică privind afacerile de familie. Chiar şi activitatea profesională a ministrului Marinuţa, care a fost conformă atribuţiilor sale şi a corespuns exigenţelor, a fost supusă criticilor inamicilor săi politici. Circumstanţele menţionate au avut impact negativ asupra imaginii publice a ministrului Apărării. Astfel, în decembrie 2013, Vitalie Marinuţa a pierdut competiţia pentru funcţia de preşedinte al PLR, iar în februarie 2014 a fost depusă cererea de demisie din funcţia de ministru.